Song qua các cuộc trao đổi đó cũng như qua các tài liệu khoa học ở nước ngoài, sự thiếu nhất trí trong cách hiểu bản thân khái niệm phương pháp luận nổi lên rất rõ. Chẳng hạn, trong các tài liệu của Liên Xô và một phần nào của Bungari mà chúng tôi được biết, khái niệm này thường được dùng:
Như vậy, hiện nay khái niệm phương pháp luận còn đang được dùng theo nhiều nghĩa rất khác nhau. Các nhà triết học cũng như các chuyên gia trong các lĩnh vực khoa học cụ thể đã viết rất nhiều về phương pháp luận và những vấn đề phương pháp luận, song bản thân phương pháp luận là gì thì lại chưa được xác định thật rõ ràng. Phương pháp luận là mọi học thuyết về phương pháp hay chỉ là học thuyết triết học về phương pháp? Nó là hệ thống các nguyên lý thế giới quan hay chỉ là sự vận dụng các nguyên lý này vào trong hoạt động nhận thức và thực tiễn? Nó là phương pháp duy vật biện chứng hay là tập hợp các phương pháp được dùng trong một ngành khoa học nào đó? Nó là một chức năng của triết học hay là một khoa học riêng biệt?
Để giải quyết được những vấn đề này ta cần lưu ý rằng, bất cứ một bộ môn khoa học nào cũng phải có đối tượng nghiên cứu riêng, có phương pháp nghiên cứu riêng và có hệ thống tri thức riêng. Không có đối tượng thì không có và không thể có bất cứ bộ môn khoa học nào vì không có đối tượng thì không xác định được phải nghiên cứu cái gì? Nhưng sau khi xác định được đối tượng nghiên cứu rồi, mỗi khoa học còn cần phải tìm ra được những phương pháp nghiên cứu thích ứng. Các phương pháp đó không thể là tuỳ tiện. Các phương pháp của vật lý học được xác định bởi những đặc điểm của hình thức vận động vật lý của vật chất, bởi các quy luật và bản chất của nó. Tương tự như vậy, các phương pháp của một bộ môn khoa học này không thể dùng hoàn toàn để nghiên cứu một đối tượng khác của một bộ môn khoa học khác. Tuy nhiên, có thể có một số phương pháp nào đó của một bộ môn khoa học này được áp dụng để nghiên cứu rộng rãi trong một số lĩnh vực khác, chẳng hạn, một số phương pháp của vật lý học có thể được dùng để nghiên cứu trong hoá học, sinh vật học, khảo cổ học v.v.. Đó là do các đối tượng nghiên cứu của hoá học, sinh vật họe, khảo cổ học… bao gồm dưới dạng này hay dạng khác các hình thức vận động vật lý của vật chất. Như vậy, tuỳ thuộc vào đối tượng nghiên cứu của mình mà mỗi khoa học có các phương pháp nghiên cứu riêng của mình. Việc tìm tòi những phương pháp nghiên cứu thích ứng với mỗi bộ môn khoa học nhất định, xác định xem những phương pháp đó là những phương pháp nào, nội dung của mỗi phương pháp là gì, cách áp dụng nó ra sao, phạm vi áp đụng của nó đến đâu v.v. do lý luận về phương pháp của môn khoa họe này giải quyết. Lý luận về phương pháp đó chính là phương pháp luận.
Do chỗ phương pháp nghiên cứu của mỗi bộ môn khoa học đều phụ thuộc vào bản chất và đặc điểm của đối tượng nghiên cứu của bộ môn khoa học đó nên muốn tìm ra được các phương pháp nghiên cứu thích ứng cần phải xuất phát từ bản thân đối tượng. Nhưng đối tượng nghiên cứu của mỗi bộ môn khoa học cụ thể chỉ là một bộ phận nhỏ, một “mảnh” nhỏ của thế giới hiện thực. Bộ phận nhỏ ấy, “mảnh” nhỏ ấy nằm trong một mối liên hệ qua lại chằng chịt hết sức phức tạp với các bộ phận khác, với các “mảnh” khác. Vì vậy, để xác định được hướng đi và cách đi thích ứng, để khỏi bị lạc trong mớ quan hệ chằng chịt các hiện tượng ấy, để luôn luôn nhắm trúng được đối tượng của mình, trước hết cần dựa vào các nguyên lý thế giới quan.
Là những quan điểm khái quát của con người về thế giới nói chung và về vị trí của con người trong thế giới ấy, các nguyên lý thế giới quan có tác dụng định hướng cho người nghiên cứu, không những định hướng trong quá trình tìm ra phương pháp mà còn định hướng ngay cả trong quá trình vận dụng phương pháp. Xuất phát từ những nguyên lý thế giới quan nhất định, những nguyên lý gắn liền với bản chất của đối tượng cần nghiên cứu, người nghiên cứu xác định được những phương pháp nghiên cứu thích hợp. Vì vậy, các nguyên lý thế giới quan chính là cơ sở của các phương pháp, có tác dụng soi sáng cho các phương pháp, đóng vai trò chỉ dẫn các hoạt động nhận thức và hoạt động cải tạo thực tiễn.
Thế giới quan đúng sẽ đảm bảo tìm ra các phương pháp nghiên cứu đúng. Ngược lại, nếu thế giới quan sai lầm thì các phương pháp nghiên cứu tìm được để nghiên cứu đối tượng đó cũng sẽ sai lầm. Chẳng hạn, xuất phát từ luận điểm cho rằng, lịch sử phát triển của xã hội là lịch sử đấu tranh giai cấp, những người mác xít đòi hỏi khi nghiên cứu các hiện tượng xã hội cần áp dụng phương pháp phân tích giai cấp, cần đứng vững trên quan điểm giai cấp. Ngược lại những người theo trường. phái tâm lý trong xã hội học lại xuất phát từ chỗ cho rằng, kinh nghiệm tâm lý và những xúc cảm của con người tạo nên bản chất của các hiện tượng và các quá trình xã hội, vì vậy, họ đòi hỏi phải nghiên cứu các hiện tượng xã hội bằng các phương pháp của tâm lý học và việc nghiên cứu phải được bắt đầu từ tâm lý cá thể là những đơn vị quan sát cơ bản. Rõ ràng là xuất phát từ những nguyên lý thế giới quan khác nhau, người ta đã đi đến khẳng định những phương pháp nghiên cứu khác nhau và tính chất đúng đắn hay sai lầm của thế giới quan có ảnh hưởng quyết định đến thành công hay thất bại của việc tìm tòi và vận đụng các phương pháp. Vì vậy, các nguyên lý thế giới quan tạo nên bộ phận quan trọng nhất trong nội dung của phương pháp luận.
Ngoài các nguyên lý thế giới quan, trong nội dung phương pháp luận của mỗi bộ môn khoa học còn có một loạt nguyên lý khác. Đó là các nguyên lý chung về các cách xem xét, nghiên cứu sự vật, là các nguyên tắc chung về sự vận dụng các phương pháp, về việc sử dụng các tài liệu, sự kiện v.v. trong một ngành khoa học nhất định. Những nguyên lý và nguyên tắc chung này xuất phát từ những đặc điểm của đối tượng nghiên cứu. Chúng không phải là những nguyên lý thế giới quan nhưng cũng không trực tiếp nằm trong nội đung của các phương pháp. Chẳng hạn, đối tượng nghiên cứu của kibécnêtic là các hệ thống tự điều khiển với bất kỳ cấu trúc nào với bất kỳ nguyên tắc hoạt động nào và với bất kỳ thực thể vật chất nào (có thể đó là cơ thể sống, là các máy tính tự động, là các hệ thống điều khiển các quá trình kỹ thuật…)
Do những đặc điểm đó nên ngoài các nguyên lý thế giới quan, nội dung phương pháp luận của kibécnêtic còn bao gồm những nguyên lý quan trọng khác đặc trưng riêng cho kibécnêtic: nguyên lý trừu tượng hoá khỏi những đặc điểm chất lượng tập trung sự chú ý vào việc tìm những đặc điểm chung trong hoạt động của các hệ thống tự điều khiển, nguyên lý chung về sự sử dụng như nhau của tất cả các công thức và lý thuyết toán học, không tuỳ thuộc vào loại hình hay sự phức tạp của các hệ thống tự điều khiển mà nó nghiên cứu v.v.. Rõ ràng các nguyên lý này không phải là các nguyên lý thế giới quan, tuy chúng gắn bó mật thiết với các nguyên lý thế giới quan, cụ thể ở đây với nguyên lý phản ánh; đồng thời chúng cũng không trực tiếp nằm trong nội dung của các phương pháp nghiên cứu của kibécnêtic, cụ thể là không trực tiếp tạo nên nội dung của các phương pháp mô hình hoá, phương pháp thuật toán hoá và phương pháp “hộp đen” là những phương pháp nghiên cứu cơ bản của kibécnêtic. Tuy vậy, chúng là cơ sở của các phương pháp này, là những nguyên lý chỉ đạo và có tác đụng định hướng rất lớn đối với người nghiên cứu trong lĩnh vực kibécnêtic khi thu thập, sử dụng các tài liệu cũng như khi vận dụng các phương pháp. Vì vậy, chúng cũng tạo nên một bộ phận rất quan trọng trong nội dung của phương pháp luận.
Như vậy, khi nói rằng phương pháp luận là lý luận về phương pháp, là học thuyết về các phương pháp nhận thức và cải tạo hiện thực, là nói tới bản chất của nó. Nhưng bản chất chưa phải là toàn bộ nội dung, mặc dầu bản chất là những cái cơ bản nhất, chung nhất trong nội dung. Đứng về không phải đơn thuần chỉ là một hệ thống trình tự các quy trình và các biện pháp nghiên cứu, cũng không phải là một tập hợp tuỳ tiện các nguyên lý nào đó mà là một hệ thống lý luận chặt chẽ với những loại nguyên lý nhất định gắn bó hữu cơ với nhau: Thứ nhất, đó là các nguyên lý thế giới quan gắn liền với bản chất của đối tượng nghiên cứu. Thứ hai, đó là các nguyên lý chung về các cách xem xét, nghiên cứu sự vật, các nguyên tắc chung về việc vận dụng các phương pháp, về sự sử đụng tài liệu, sự kiện… trong một ngành khoa học nhất định; các nguyên lý và nguyên tắc chung này gắn liền với đặc điểm của đối tượng nghiên cứu. Cuối cùng, đó là lý luận về bản thân các phương pháp (về nội dung, phạm vi và mối quan hệ qua lại giữa các phương pháp) của ngành khoa học ấy. Tất cả các bộ phận này gắn bó mật thiết với nhau tạo nên một hệ thống lý luận chặt chẽ, thống nhất và là một thành phần không thể thiếu được của bất cứ bộ môn khoa học nào.
Vì vậy, phương pháp luận không phải là một tập hợp lý luận tuỳ tiện, càng không phải chỉ là một tập hợp đơn thuần các phương pháp được dùng trong một ngành khoa học nào đấy, nhưng đồng thời nó cũng không phải là một khoa học riêng biệt đứng độc lập như các khoa học khác. Phương pháp luận là một bộ phận không thể thiếu được của mỗi bộ môn khoa học, là học thuyết về các phương pháp. Chính vì thế, phương pháp luận không phải chỉ là một học thuyết triết học về các phương pháp như một số tác giả khẳng định.